有機高分子絮凝劑屬于線團結構的長鏈大分子，在水中必然經歷一個溶漲過程，固體產品或高濃度液體產品在使用之前必須配制成水溶液再投加到待處理水中。配制水溶液的溶藥池必須安裝機械攪拌設備，溶藥連續攪拌時間要控制在30min以上。水溶液的濃度一般為0.1%左右，再高，溶液的粘度增大，投加困難，再低，需要的溶液池體積又會過大。溶藥使用的水中應盡量避免含有大量的懸浮物，以避免有機高分子絮凝劑與這些懸浮物進行絮凝反應形成礬花，影響投加后的使用效果。
對固體有機高分子絮凝劑進行溶解時，固體顆粒的投加點一定要在水流紊動最強烈的地方，同時一定要以最小投加量向溶藥池中緩慢投入，使固體顆粒分散進入水中，以防固體投加量太快在水中分散不及而相互粘結形成團塊，團塊的結構是內部有固體顆粒、外部包圍部分水解物，這樣的團塊一旦形成，往往要花費很長時間才能再均勻地溶入水中，在連續溶藥池中甚至可以存在長達數天。
固體顆粒的投加點一定要遠離機械攪拌器的攪拌軸，因為攪拌軸通常是溶藥池中水流紊動性最差的地方，溶解不充分的有機高分子絮凝劑經常會附著在軸上，日益積累，有時可以形成相當大的粘團，如果不及時認真地予以清理，粘團會越變越大，影響范圍也就越來越大。
作為助凝劑時，一般要先在處理水中投加無機絮凝劑進行壓縮雙電層脫穩后，再投加有機高分子絮凝劑實現架橋作用。在無機絮凝劑投加充足的條件下，有機高分子絮凝劑的助凝效果不會因投加量的差異而有較大差別。因此，作為助凝劑時，有機高分子絮凝劑的投加量一般為0.1mg/L。
固體有機高分子絮凝劑容易吸水潮解成塊，必須使用防水包裝，保存地點也必須干燥，避免露天存放。